Wieś położona jest nad jeziorem Mojtyny, od którego najprawdopodobniej zapożyczyła swoją nazwę. Znajduje się na trasie Mrągowo – Ostrołęka, droga nr 59. Lokacja nowej miejscowości pod koniec XIV w. miała miejsce przy osadzie pruskiej, która tu istniała od kilkudziesięciu wieków.
Wieś od pierwszej lokacji należała administracyjnie do prokuratorii szestnieńskiej, a od 1818 r. leży w granicach powiatu mrągowskiego. Od erygowania parafii w Nawiadach w 1437 r. Mojtyny należą do tejże wspólnoty wyznaniowej.
Archeologiczne odkrycie na początku XX w. cmentarzyska z czasów rzymskich w Mojtynach poświadcza o istnieniu osady pruskiej. Była to społeczność, która najprawdopodobniej prowadziła handel z innymi wędrującymi kupcami z południowej i wschodniej Europy. Na cmentarzysku znaleziono monety z czasów rzymskich, przedmioty ze srebra i metalu. Są to dowody mówiące, że teren Mojtyn i okolicznych miejscowości nawiedzany był przez ludność spoza Prus.
